企業集團的決策結構受集團形成機理的影響 ，其決策結的形式有所不同 。但不論是成員企業間相互持股形成的企業集團是垂直持股(單向持股)形成的企業集團 ，其決策結構中均顯現出分層性和多元性 。

     所謂分層性 ，是指集團決策的分權性 。縣體表現為集團有其最高決策組織——集團董事會(或集團管理委員會) ；各成員企業亦有自己的經營決策組織——公司董事會(工廠管委會) ，保持相對獨立性。集團決策層的決策范圍主要包括集團全局性的戰略決策 ，如確定集團的經營目標 、發展方向和遠景規劃 ，重點在于處理集團同外部環境的關系 。其次是制定集團內部成員之間的利益分配與關系協調 ，如制定“龍頭”產品或系列產品罕部件和整機擴散計劃 、確定主導產品各零部件的內配價格和目標成本 、集中調配集團內部自籌資金 ，確定其使用方向與對象等 ，重點在于組織和動員集團內部的力量 ，協調各成員企業之間 、集團核心企業(集團公司)與成員企業之間的關系 。在由垂直持股所形成的企業集團中，集團的董事會與集團公司的董事會往往是合二而一的 ，集團公司處于企業集團決策結構的核心位置 ，成為集團的決策中心 ；由它投資的全資子公司或下屬的分公司 、事業部則構成集團的利潤中心 。由它所控股的子公司等 ，雖在經營上有獨立性 ，但母公司通過產權管理 、人員安排 ，而能控制其決策活動 ，故這類被控股的子公司 ，僅僅是在名義上具有經營決策權 ；這些集團成員企業的經營決策權主要表現在他們作為集團董事會成員時，能對集團的決策產生影響。若集團內各成員企業是以互相持股為主，在集團決策的基礎上 ，各成員企業的生產經營決策具有相對獨立性 。對于集團公司并未控股的關聯公司 ，同樣也具有獨立的生產經營決策權 。在這兩種情況下 ，各成員企業還擁有對企業集團員為重要的決策權 ，即自由選擇聯合方式 、聯合對象 ，進入或退出集團的決策權 。

     所謂多元性是指集團內部不同成員企業在享有決策權上的差異性 。從目前我國經濟改革現狀和趨勢來看，我國企業集團內部各成員企業的決策權差異很大 。有些集團中的集團公司(核心企業)擁有國家賦予的國有資產營運的職責 ，它們行使出資人的職能 。除對本公司經營活動有決策權外．還享有對其他企業資產營運的權利 ；而那些通過行政劃轉的企業集團的緊密層企業 ，有的成為集團公司的子公司或被控股公司，有的甚至成為集團公司的分公司或一個事業部 。在這種情況下 ，這些企業就失去了原來作為一個獨立企業而具有的獨立的決策權 。對于散松聯合的企業成員 ，由于受集團公司參股的影響或者簽訂的經濟契約的影響 ，決策的結果將有所變化 ，但作為決策的權利 ，在參加集團前后 ，并無明顯變化。

     在具體決策機構設置上 ，股份制企業集團設立集團董事會 ，它是集團經營管理的最高決策機關 。集團董事會的產生有兩種辦法 。一是與集團公司(核心企業)的董事會合二為一 ，由集團公司股東大會選舉產生 。這個董事會既行使集團公司董事會的職權 ，又擁有對整個企業集團生產經營決策權 ；它負責選聘集團公司的經營班子 ，同時對集團成員企業安排相應的股權董事 ，來影響和控制這些成員企業董事會的經營決策和確定經理人選 。集團公司的有關職能處室就是集團本部的職能部門 ，為集團決策行使參謀職能 。本部自身可根據業務需要設置少量的與集團業務有關的協調部門 。這種機構設置的優點是反映集團內企業間產權緊密聯系的特征 ，機構設置不重復 ，便于操作 ，有利于統一指揮 。二是集團決策機構與集團成員決策機構分設。集團董事會(或管委會)由各成員企業主要領導組成，并在協商的基礎上 ，共同對集團的重大問題作出決策 ，實施對集團的戰略管理 。在這種情況下 ，企業集團往往還要有自己的一套職能機構 ，來承擔集團內部的組織 、協調等職能 。這種機構設置如果是建立在集團成員企業間相互持股的基礎上(如日本大型企業集團的“經理會”) ，則作出的決策具有權威性和約束力 ；若集團成員企業間缺乏資金聯系紐帶 ，則這種權威性和約束力就很小，不利于集團的統一領導 。